知网查重论文上传两次的原因主要是为了提高查重的准确性。第一次上传是为了生成查重报告，通过报告了解文献的重复率和原创度，第二次上传是为了确认修改后的文献是否符合要求。这样做可以有效避免误差和提高查重结果的可靠性。

另外，知网查重系统可能会在第一次上传后出现一些技术问题或网络原因导致查重结果不准确，因此需要再次上传以确保结果的准确性。此外，第二次上传也可以帮助作者进一步修改文献，提高文献质量和原创性，从而更好地通过学术评审。